Motagua fue fundado el 29 de agosto de 1928 por la fusión de los clubes América y Honduras Atlético, fue bautizado con ese nombre para exaltar el patriotismo en atención al nombre del río que en aquellos años era objeto de litigio entre Honduras y Guatemala.
Contrario a lo relatado por algunas leyendas urbanas en las cuales se le acreditan varios campeonatos consecutivos, Motagua solo ganó dos títulos hondureños antes de la creación de la Liga Nacional (1948 y 1951) y obtuvo su puesto en la categoría de élite al ubicarse en el segundo lugar de la Liga Mayor Francisco Morazán en 1964.
El elenco azul debutó en la primera división el 18 de julio de 1965 con una derrota por 4-1 ante el Vida y debió esperar ocho jornadas para conquistar su primer triunfo, el cual llegó el 5 de septiembre al imponerse por 0-2 ante el España con dos goles de Elio Banegas.
En su trayectoria en la Liga Nacional aportó como máximos goleadores a Roberto Abrussezze (1968/69), Mario Blandón Artica (1973), Mario Juvini Carreño (1977), Salvador Bernárdez (1978/79), Miguel Mathews (1988), Álex Geovanny Ávila (1994/95), Edwin “Venado” Castro (1995/96), Denilson Costa (1996/97), Amado Guevara (Clausura 1998) y Jerry Bengtson (Clausura 2011) y como arqueros menos batidos a Salvador Dubois (1970/71), Roger Mayorga (1973 y 1974), Alcides Morales (1978/79 y 1981), Marvin Henríquez (1991/92), Diego Vásquez (Apertura 1997/98 y Clausura 1998), Ricardo Canales (Apertura 2006 y Apertura 2008), Donaldo Morales (Apertura 2009 y Apertura 2012) y Sebastián Portigliatti (temporada 2014/15).
Sus principales goleadores son Ángel Antonio “Toño” Obando (77), Amado Guevara (73) y Óscar Rolando “Martillo” Hernández (68), en tanto que Carlos Padilla Velásquez y Ramón Maradiaga merecen menciones especiales entre sus técnicos, el primero por ganar dos campeonatos y por poseer la marca de juegos consecutivos dirigidos en Liga Nacional (62 victorias, 51 empates y 19 derrotas en 132 juegos entre el 19 de julio de 1970 y el 18 de mayo de 1975), en tanto que con el segundo se conquistaron cuatro torneos de Liga Nacional y uno centroamericano.
A lo largo de 51 años de participaciones ininterrumpidas en la Liga Nacional, Motagua acumula 676 triunfos, 584 empates y 452 derrotas, 2153 goles a favor y 1711 en contra en 1712 partidos y presenta los siguientes récords históricos:
Máximo de Victorias: 11 (Clausura 2010 y Apertura 2014)
Mínimo de Victorias: 2 (Clausura 2001)
Máximo de Derrotas: 11 (1965/66)
Mínimo de Derrotas: 0 (Clausura 2012)
Máximo de Goles Anotados: 41 (Clausura 2015)
Mínimo de Goles Anotados: 12 (Clausura 2002)
Máximo de Goles Recibidos: 31 (1966/67)
Mínimo de Goles Recibidos: 10 (Clausura 2012)
Mayor Goleada a Favor: Motagua 7 Súper Estrella 0 (1991/92)
Mayor Goleada en Contra: Motagua 0 Vida 5 (1985)
Mejor Ubicación: Campeón Nacional (Trece veces (1968/69, 1970/71, 1973, 1978/79, 1991/92, A 1997/98, C 1998, A 1999/2000, C 2000, A 2001, A 2006, C 2011 y A 2014))
Peor Ubicación: Décimo Lugar (Apertura 2005)
